Kormoran czarny jest sporym ptakiem wodnym, łatwo go rozpoznać po charakterystycznym, bardzo ciemnym upierzeniu. Ma długą szyję, która jest niezwykle rozciągliwa - dzięki temu kormorany mogą połykać całkiem spore ryby. Ma wyjątkowo długi i mocny dziób, zakończony ostrą, hakowatą i długą na 2-3 centymetry końcówką, która pomaga kormoranowi podtrzymywać upolowaną rybę. Po urodzeniu zwierzęta te mają otwory nosowe, jednak zamykają się one w bardzo wczesnym stadium wzrostu. Przez resztę życia kormorany oddychają jedynie otworem gębowym. Poniżej dzioba znajduje się bardzo rozciągliwy worek, który służy mu jako swego rodzaju spichlerz, w którym kormoran przetrzymuje przez pewien czas mniejsze połknięte ryby, zanim dopuści je do trawienia. Kormorany mają krótkie nogi. Mają cztery długie palce zakończone krótkimi, lecz ostrymi pazurami. Palce są połączone silną i dużą błoną pławną, w dodatku bardzo ukrwioną, co pomaga przy ogrzewaniu jaj - bowiem kormorany nie mają, tak jak inne ptaki, tak zwanej plamy lęgowej. Kormoran ma dziwnie zbudowany przewód pokarmowy - oprócz standardowego przełyku posiada żołądek gruczołowy, żołądek mięśniowy oraz wole. W wolach kormoran gromadzi część jedzenia, jeżeli posiłek był bardzo duży. Trawienie rozpoczyna się w żołądku mięśniowym, gdzie połknięte wcześniej kamienie oraz silne mięsnie przerabiają jedzenie na drobniutką papkę, która wędruje następnie do jelit.